Cinq (05) instances composent la CCI-BF. Ce sont :

• L’Assemblée générale : composée de 151 membres élus pour un mandat de 5 ans renouvelable, et issus des secteurs du commerce, de l’industrie et des services, elle est l’organe délibérant de la CCI-BF.
• Le Bureau consulaire : élu par l’Assemblée générale pour un mandat de cinq (05) ans, il statue sur les principales questions relatives au fonctionnement et à la gestion de l’Institution. Il comprend 21 membres.
• Les Délégations Consulaires Régionales (DCR) : elles sont implantées dans chacune des régions administratives du Burkina Faso et ont leurs sièges dans les chefs-lieux de régions. Chaque DCR est animée par une Assemblée Consulaire Régionale qui se réunit régulièrement. Elles répondent aux sollicitations que les pouvoirs publics locaux et régionaux requièrent d’elles et informent la CCI-BF de toutes les démarches et propositions faites à ce titre.
• Les Commissions : elles sont des organes d’étude et de proposition à l’intention du Bureau Consulaire et de l’Assemblée générale.
• La Direction Générale : Elle est chargée de la direction opérationnelle et administrative de la CCI-BF. Ses services administratifs sont animés par des employés liés à l’institution par des contrats de droit privé. Les services de la CCI-BF sont, sous la responsabilité du Président, dirigés par un Directeur Général recruté par appel à candidature.